La princesse Pamina a été enlevée. Sa mère, la Reine de la Nuit, charge le jeune prince Tamino de porter secours à sa fille. Tamino et son fidèle acolyte, Papageno, se lancent dans l'aventure, mais ils comprennent rapidement que, lorsqu'on part à la recherche de l'amour, les apparences sont parfois trompeuses. Guidés par une flûte enchantée, ils rencontrent des monstres, des bandits, et une mystérieuse confrérie d'hommes – mais, en fait, l'aide arrive au moment où ils s'y attendent le moins.