Alors que l’année scolaire touche à sa fin, Yûgi et ses amis reprennent le chemin du lycée. Parmi leurs camarades figure Aigami, un élève aussi mystérieux que dérangeant, dont l’attitude inspire un profond malaise. Kaiba, quant à lui, poursuit sa quête obsessionnelle de reconstruction du Puzzle du Millénium, dans l’espoir de ressusciter Atem et de l’affronter dans un ultime duel…